Der Turm wird 1348 erstmals in den Schriftquellen erwähnt. Seine heutige Gestalt geht im Wesentlichen auf einen Ausbau in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts zurück. Bis zu Beginn des 20. Jahrhunderts war die Türmerwohnung im obersten Geschoss dauerhaft bewohnt.
In den späten 1960er Jahren richtete der »Zirkel der Görlitzer Heimatforscher« eine Dauerausstellung zu alten Handwerksgeräten, zur frühneuzeitlichen Görlitzer Wasserversorgung, zum Brandschutz sowie zu verschiedenen Aspekten der Alltagskultur des 19. und frühen 20. Jahrhunderts im Turm ein. Nach der Auflösung des Zirkels gingen der Turm und die Dauerausstellung 2015 in die Verantwortung der Görlitzer Sammlungen über. Der Nikolaiturm kann im Rahmen von Führungen besichtigt werden.